纵观印度尼西亚历史，曾发生过几次外来族群广泛移入印尼群岛的浪潮，但这些人通常在城市中定居，少有选择在农村地区定居的情事。

华人：印尼华人是当地最重要的外来少数族群，官方资料的人数约为280万，其他资料的估计则在200至400万之间。这些人的祖先从16世纪开始移居来此，在19世纪和20世纪的数目大增。这个族群主要集中在爪哇城市地区称为唐人街（英语：pecinan）的所在，在雅加达、泗水、丹格朗（万丹省）、廖内省、廖内群岛省、邦加-勿里洞省和西加里曼丹省均有华人聚集处。

目前华人与巴达维人、马来族、爪哇族、巽他族等原住民族群和平相处；此外印尼有少数住有相当数量华人的城市，他们会保留与中国有关的遗迹。这类遗迹分布在整个印尼群岛，尤其是在巨港、雅加达、泗水和其他沿海城市的数量最多。

印度人：印度人也在印尼群岛定居；但他们的数量不如华人多。他们也主要集中在城市中，在中雅加达行政市的帕萨·巴鲁（英语：Pasar Baru）附近，还有棉兰的坎彭·玛德拉斯（英语：Kampung Madras）住有相当多这类族群。几乎95%的印度裔印尼人居住在北苏门答腊省。

印都人（英语：Indo people）：（荷兰语：Indische Nederlanders，简称Indos）指的是印尼人和荷兰/欧洲人混血的后代。这个族群在荷属东印度殖民时代才出现。今天此类具有不同程度混血的印都人，数目不到一百万。这个族群目前主要居住在雅加达，他们之中有许多拥有荷兰和印尼的双重国籍。截至2011年，估计居住在荷兰以外 （包括在印尼）的印都人有124,000人。[7]

马尔迪吉基尔人：这个名字的意思是“自由人”，源于马来语“merdeka”（义为“自由”）的荷兰语发音。 马尔迪吉基尔人的祖先来自印度、非洲和马来半岛，曾是葡萄牙人的奴隶。他们被荷兰东印度公司带到印尼，并在定居之后被释放为自由人。经历长久的时间，多数人设法回到各自的家乡。等仍有少数留在今日的雅加达，同时保留有自己独特族群文化。

日本人：有少数日本人在第二次世界大战日本战败后迁移到印尼。随后几年又逐渐迁回日本，只有少数前日本士兵留在印尼，并成为印尼公民。自1990年代以来，日本在印尼的商业和投资增加，推动在印尼的日本人增加，其中多数仍保有日本公民身份。这类人主要住在雅加达和巴厘岛。